ברירת המחדל של המערכת הינה כי המס על השבח ישולם על ידי המוכר כפי הנהוג במרבית העסקאות.

לעיתים, עולה דרישה מאת המוכר, או בהסכמה הדדית בין המוכר לקונה כי הרוכש ישא בחבות במס על השבח המוטלת על המוכר וכי התמורה המוסכמת תהיה התמורה נטו. דהיינו, הרוכש נושא בכל חבויות המוכר בקשר עם המכירה, ובכלל זה, היטל השבחה ו/או החבות המס על השבח וכו'. עסקאות כאמור מכונות בעגה המקצועית "עסקת נטו" ובמקרים אלו יש להחליף את ברירת המחדל של המערכת כך שבמקום שהחבות במס על השבח תשולם על ידי המוכר,  הקונה, הוא זה אשר ישא בנטל חבות המס במכירה.

חישוב המס ב"עסקאות נטו" מתבצע על ידי המערכת לפי הוראות סעיף 17(ד) לחוק מיסוי מקרקעין בדרך של "גילום מלא" - התמורה בהסכם המכירה, בתוספת סכום המס שהיה על המוכר לשלם על מנת שתיוותר בידו התמורה האמורה, אילו הקונה לא היה מקבל על עצמו את תשלום המס.

יושם אל לב כי על פי הוראות סעיף 17(ד) המנהל רשאי לקבוע את שווי המכירה בדרך של גילום מלא אולם אינו חייב. במקרים בהם חושב המס בדרך של גילום מלא והתוצאה מצביעה על תמורה הגבוהה מהשווי בין קונה מרצון למוכר מרצון, כי אזי, בסמכותו של המנהל להפחית את סכום התמורה לשווי כאמור.